Segue la storia di Jaden Yuki (Judai Yuki in Giappone), un giovane e dotato duellante a cui viene data la carta "Kuriboh Alato" da Yugi prima della sua ammissione alla Duel Academy una scuola elitaria fondata da Seto Kaiba. Jaden, riceve un punteggio molto basso al test di ammissione scritto, ma dato che nel test pratico riesce addirittura a sconfiggere un professore dell'accademia decidono di ammetterlo comunque ma viene piazzato nel dormitorio Slifer Rosso (Osiris Red nella versione originale) riservato agli studenti con i voti più bassi. La storia prosegue prima con le sfide tra Jaden e diversi studenti della Duel Academy e quindi con il suo coinvolgimento con i segreti nascosti dell'accademia.
